Détourage d'une gellule pharmaceutique dans ORS Visual

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Détourage d'une gellule pharmaceutique dans ORS Visual

Message par ReactivIP » 01 Septembre 2015, 12:08

Dans de nombreux cas, en plus de calculer la granulométrie 3D de certains éléments, il est nécessaire de pouvoir segmenter proprement l'objet à analyser.
Voici un exemple caractéristique où l'utilisateur a besoin de détourer assez précisément une gellule.

Typiquement, le besoin final est de calculer la proportion de principe actif dans le médicament. Mais dans d'autres domaines, le besoin sera identique pour pouvoir mesurer des taux de porosité.

Image de l'échantillon à analyser ( vue 3D et coupe 2D)

Image Image

Une première solution pourrait consister à détourer manuellement l'objet à l'aide de l'outil Active Shape d'ORS.
Mais même si cet outil est pseudo automatique, la segment est dans ce cas, relativement laborieuse avec cette fonctionnalité.

Voici une proposition d'enchainement pour automatiser la recherche de ce contour:

1) Nettoyage de l'image à l'aide d'un filtre médian 3D

Ce filtre est disponible à partir de la zone Tools puis bouton Filters
Image

2) Réaliser une ROI à partir d'un seuillage sur les éléments clairs de votre image

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3) Opération de fermeture morphologique
Sélectionner votre ROI, puis clic droit pour faire apparaitre le menu contextuel et choisir Operations puis Morphology operations pour faire apparaître la fenêtre de paramétrage des opérations morphologiques.

Choisissez une fermeture avec un élément sphérique de taille 19
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Ce qui permet de refermer la ROI autour des objets pré-sélectionnés
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Attention !!! Cette opération est relativement gourmande en temps. Comme pour tous les logiciels du marché, il vous faudra attendre entre 5 et 10 minutes pour obtenir le résultat.
Vous avez la possibilité d'accélérer ce traitement en appelant directement les fonctions de la librairie IPSDK complémentaire à partir d'ORS. Nous contacter pour plus d'informations.

4) Boucher les trous

Pour boucher les trous, sélectionner votre ROI, puis clic droit pour faire apparaitre le menu contextuel et choisir Operations puis Fill all inner 2D Areas along Z Axis
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Vous avez ensuite la possibilité de créer un maillage pour visualiser cette ROI (image ci-dessous) ou directement mesurer son volume afin de l'utiliser dans vos calculs.

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